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基因组验证有多稳定?
时间:2020-06-18来源:点击:359分享:
大多数进步的奶业生产者已经采纳并接受基因组学作为快速取得遗传进展的最佳途径。但是,如果近期的遗传基础变化让你感到疑惑,我们不会责怪你。基因组验证和从前一样稳定吗?即使许多女儿验证公牛仍然提供一个很大的基因包,基因组验证公牛是你最佳选择吗?带着这些问题,我们在整个人工授精业的公牛实际验证数据中寻找答案。


我们对基因组学了解多少?

为了说明基因组验证的稳定性,PEAK遗传学家阿什利·米克肖斯基(Ashley Mikshowsky)分析了近7800头荷斯坦公牛的验证数据。这些公牛在2010年1月至2016年12月作为基因组验证公牛首次公布,并且它们当前都有了女儿验证结果。

在下面的图1和图2中可以找到结果。每张图表深蓝色曲线表示最初基因组公布日期的GTPI或NM$(净价值美元)的平均值。浅色曲线表示2020年4月相同公牛的女儿验证平均TPI或NM$。两条线之间的间距代表了TPI或NM$从最初的基因组公布到女儿验证的平均变化。



图1表示TPI

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如图左侧所示,2010年1月首次发布的公牛从初始基因组验证到2020年4月的女儿验证的TPI差是200点。

让我们将其与更新的女儿验证公牛进行比较,包括2016年12月时作为基因组验证的公牛。这些公牛从首次基因组验证到2020年4月的女儿验证只有 91点的TPI差异。
这意味着GTPI的稳定性从基因组公布到女儿验证增长了一倍以上——或者差异降低一半!你还能看到遗传水平持续上升的额外收获!



图2表示NM$

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NM$也是如此。在图2中查看这些结果。



人工授精业公牛从2010年1月首次发布基因组验证到2020年4月的女儿验证,平均NM$下降了112美元。然而,最新获得女儿验证的公牛(2016年12月首次作为基因组公牛发布)与最初发布的基因组验证只差37NM$。

看到这些结果,你可能认为奶牛基因组验证仍然虚高。不错,虽然这也许是真的,但自基因组验证开始以来,基因组验证和女儿验证之间的差距已经明显缩小了。



让我们深入研究基因组验证的稳定性



因为两张图可能无法让你确信基因组验证的稳定性,让我们从另一个角度来检验它。

图3和图4基于PEAK遗传学家Ashley Mikshowsky所分析的额外的验证数据。她评估了2016年发布的971头基因组验证公牛。这是为了查看TPI和NM$从基因组验证到女儿验证之间的差异分布规律。她特意使用了这个年龄组,因为这些2016年公布的公牛现在都有了产量、健康和体型性状的女儿验证数据。


图3显示TPI的变化分布。

橙色柱状线条是变化为0的参考位置。

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从2016年首次公布到2020年4月的女儿验证平均TPI下降了115点。

140头以上女儿验证的TPI与初始基因组验证比较的变化在30点以内。而全组971头公牛中只有30头的TPI变化超过300点。



图4显示NM$的变化分布

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基于相同的971头人工授精公牛的分析,我们看到图4中NM$有相同的趋势。从2016年首次基因组验证到2020年4月女儿验证的NM$平均变化只有70美元。971头公牛中有近160头的NM$保持稳定,从基因组验证到女儿验证在很少的20点内波动。只有13头的变化超过300点。



你今天的基因选择呢?

还在考虑最佳选择是可靠性更高的女儿验证公牛,还是更喜欢用基因验证公牛组来加速遗传进展?请看下表,使用NM$对女儿验证和基因组验证公牛进行平均数比较。

当前,排名前列的女儿验证公牛平均为621 NM$。相比之下,现有一组排名前列的基因组验证公牛平均更高,为776NM$,有着比女儿验证组高出155美元的优势!


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AltaTOPSHOT 011HO11779既在亚达女儿验证公牛中排名第一,它也在整个品种中排名靠前,但仍然低于基因组验证公牛的平均水平。

从基因组验证到女儿验证之间,一些公牛会加分或丢分。数据证明这是不可避免的。然而,我们也能看到基因组验证的稳定性在不断提高。

请记住,在基因组验证列表中名列前茅的公牛下降到当前女儿验证公牛的排名以下的概率几乎为0。



关于你的遗传选择,请记住以下几点:


1.基因组验证结果仍然有虚高。然而,即使考虑到最近遗传基础变化更新,由于在过去的这段时间对模型的改进,随着时间的推移,我们可以看到TPI和NM$从基因组验证到女儿验证的变化更小。

2.尽管一头公牛的TPI和NM$从基因组验证到女儿验证,一般呈下降趋势,但使用一组基因组公牛比一组女儿验证公牛会取得更快的遗传进展。

3.确保你所取得的遗传进展符合你的育种目标方向。根据你的牧场定制化遗传方案选择一组基因组验证公牛。只强调那些促进你牧场未来发展和盈利最重要的产量、健康或体型性状。



验证分析和图表由PEAK遗传学家Ashley Mikshowsky提供

原文链接:https://us.altagenetics.com/dairy-basics/how-stable-are-genomic-proofs/



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